„Die Katastrophe ist kaum in Worte zu fassen: Die Bremgarter sind um das Wahrzeichen ihrer Stadt, die stolze Stadtpfarrkirche, beraubt. Nur noch angeschwärzte Mauern rund um das Kirchenschiff und dreiviertel des Turmes zeugen davon, dass hier seit 1249 eine stattliche Kirche stand.“ So schrieb ein Augenzeuge nach dem Brand der Stadtkirche am 28. März 1984.

Die Kirche wurde damals seit mehr als einem Jahr renoviert. Am Morgen des Unglückstages hatte man den Dachstuhl mit einem Holzschutzmittel imprägniert. Am frühen Nachmittag versuchten Arbeiter, eine vorstehende Holzschraube mit einer Trennscheibe abzuschneiden. Der Funkenwurf entzündete die noch immer vorhandenen Dämpfe der Imprägnierflüssigkeit. Innert weniger Minuten breitete sich der Brand über den ganzen Dachstock aus, griff auf den Innenraum und den Turm über. Die Feuerwehr war, trotz des Einsatzes von Lösch-Helikoptern machtlos. Die Kirche und der Turm brannten vollständig aus, die Glocken schmolzen und stürzten hinunter.

Im Innern der Kirche wurden Orgel, Empore und ein Teil der Altäre ein Raub der Flammen. Zum Glück im Unglück war das meiste Mobiliar zur Restauration ausgelagert und blieb daher verschont. Völlig zerstört wurden die Aufbauten der Seitenaltäre des Hauptschiffes. Die drei Altäre des Seitenschiffes wurden zwar beschädigt, konnten jedoch später wieder restauriert werden.

Anfängliche Befürchtungen, die Brandruine müsse gänzlich abgetragen werden, bestätigten sich nicht. Die Kirchgemeinde beschloss im Juli 1984 den Wiederaufbau der Kirche. Als Grundlage für die Rekonstruktion dienten die exakten Pläne, die vor Beginn der Restaurierung aufgenommen worden waren. Im Kirchenschiff konnten die Wandmalereien aus der Spätrenaissance gesichert und teilweise rekonstruiert werden. Jene im Chor waren jedoch nicht mehr zu retten und mussten abgetragen werden. Dabei kamen die spätgotischen Malereien aus dem ausgehenden 15. Jahrhundert zum Vorschein.

Am 6. Dezember 1987 konnte die Kirche feierlich wieder eingeweiht werden.