Im Mittelalter besassen verschiedene Männerorden kleine Niederlassungen in der Stadt Bremgarten: die Dominikaner, die Augustiner und die Franziskaner. Keine davon bestand jedoch auf längere Zeit.

Daneben gab es mehrere Beginen-Häuser. Beginen waren religiös gesinnte Frauen, die ohne bestimmte Ordensregel in kleinen Gemeinschaften zusammenlebten und karitative Aufgaben erfüllten. Im Jahre 1377 schlossen sie sich zu einer einzigen Gemeinschaft in einem Haus nördlich des Kirchplatzes zusammen. Um 1400 nahm die Gemeinschaft, wohl auf Druck des zuständigen Bischofs von Konstanz, die franziskanischen Regeln an. Damit wandelte sich das Haus zu einem förmlichen Kloster, dem späteren Klarakloster. 1623 wurde das heutige Klostergebäude errichtet, und erst 1625 erhielten die Schwestern ihre eigene Kirche, die heutige St. Klara-Kapelle. Das Kloster lebte von bescheidenen Einkünften und hatte oft mit finanziellen Schwierigkeiten zu kämpfen. Am 25. August 1798 beschloss der Helvetische Grosse Rat die Aufhebung des Klosters.

Das Kapuzinerkloster in der untern Vorstadt wurde 1617 gegründet, nachdem der Bremgarter Rat ein entsprechendes Begehren an das Generalkapitel des Ordens gerichtet hatte. Der Spitalherr Johannes Bucher schenkte den Kapuzinern den Bauplatz für das neue Kloster. Die Klosterkirche gilt als ein Musterbeispiel einer Schweizer Kapuzinerkirche. Die Bremgarter Kapuziner widmeten sich vor allem der Seelsorge. Sie hatten wesentlichen Anteil an der Erneuerung des religiösen Lebens im Freiamt im Zuge der katholischen Reform im 17. Jahrhundert. Sie betrieben auch ein Wollwerk, das die Schweizerische Kapuzinerprovinz mit Wolltuch belieferte. Als der aargauische Grosse Rat 1841 alle Klöster aufhob, bedeutete dies auch für das Bremgarter Kapuzinerkloster das Ende. 1889 wurde im leer stehenden Konventgebäude das St. Josephs-Heim eingerichtet.

Ebenfalls klösterlicher Besitz, nämlich des Klosters Muri, war der Muri-Amthof. Er diente einem klösterlichen Amtmann als Sitz und dem Abt und den Mönchen als städtisches Absteigequartier. In der zugehörigen Zehntenscheune lagerten die Abgaben für das Kloster aus der Umgebung. Mit der Klosteraufhebung 1841 gelangte der Muri-Amthof in Privatbesitz.

Bild: Ausschnitt aus der Ansicht in Matthäus Merians Topographie, 1654.