Im Zuge der Restaurierung der Stadtkirche begann man im Sommer 1983, die wieder entdeckten Fresken aus dem frühen 17. Jahrhundert freizulegen. Da brach am 24. März 1984 das Unheil der Brandkatastrophe herein. Im Chor zerstörte der Brand die Fresken gänzlich. Jene im Kirchenschiff aber konnten gerettet werden. Sie litten zwar ebenfalls Schaden, doch hat man sie nachträglich gesichert und zum Teil rekonstruiert.

Die Fenster sowie die Arkaden zum Seitenschiff sind mit phantastischer Scheinarchitektur gerahmt und überhöht. Im Rahmenwerk der Fenster erstreckt sich auf halber Höhe ein figürlicher Zyklus mit Christus und den Aposteln. Über den Arkaden-Umrahmungen schweben Passionsengel mit den Leidenswerkzeugen Christi. Den Chorbogen ziert eine monumentale Verkündigungsszene. Die Stirnwand des Synesius-Schiffes krönt eine Darstellung des Jüngsten Gerichts.

Aufgrund einer im Chor gefundenen (und durch den Brand zerstörten) Jahreszahl 1629 lassen sich die Malereien auf die Zeit um 1630 datieren. Stilistisch sind sie der Spätrenaissance zuzuordnen. Gemalt wurden sie von Paul Widerkehr (1580-1649), einem bis anhin wenig bekannten Bremgarter Künstler. Werke von ihm hat man 1965 auch in der Stiftskirche Schönenwerd und 1983 im Kloster Hermetschwil entdeckt. Seine Malereien in Bremgarten wurden bei der Barockisierung der Kirche um 1780 übertüncht.

Unter Widerkehr-Fresken im Chor, die beim Brand zerstört wurden, kamen spätgotische Fresken aus der Zeit kurz vor 1500 zum Vorschein. Es sind Reste eines Zyklus, der die zwölf Aposteln darstellt. Die überlebensgrossen Apostel stehen in Arkaden über schlanken Säulen. Sie sind in die klassische Apostelkleidung gehüllt. In den Händen halten sie ihr Attribut (Kennzeichen) sowie ein Schriftband mit einem Satz aus dem Credo.